Bom dia Senhores resolvemos aqui no Chilkat tem uma propriedade SignExistingSignatures
Então o que estava acontecendo ele estava assinando o lote de RPS mas o conteúdo que estava assinado ele estava ignorando.


// Make sure we add the "SignExistingSignatures" behavior so that this signature includes the original signature in the digest.
gen.Behaviors = "IndentedSignature,SignExistingSignatures";